Луіджы Рык'ярдзі 1 , Роза Мацэа 2,*©, Анджэла Раffэле Маркатрыджана 1 , Гульельма Райнальдзі 3 , Паола Іавіена 4 , Віта Зона 1 , Стэфана Паван 1© і Канцэта Лоці 2,*
- 1 Дэпартамент навук аб глебе, раслінах і прадуктах харчавання, аддзел генетыкі раслін і селекцыі Універсітэта Бары, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, Італія; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (ARM); vito.zonno@uniba.it (ВЗ); stefano.pavan@uniba.it (СП)
- 2 Дэпартамент навук аб сельскай гаспадарцы, харчаванні і навакольным асяроддзі, Універсітэт Фоджа, Via Napoli 25, 71122 Фоджа, Італія
- 3 Дэпартамент біялагічных навук, біятэхналогій і біяфармацэўтыкі Універсітэта Бары, Via Orabona 4, 70125 Bari, Італія; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Дэпартамент энергетычных тэхналогій, аддзел біяэнергетыкі, біяперапрацоўкі і зялёнай хіміі, Даследчы цэнтр ENEA Trisaia, SS 106 Ionica, км 419+500, 75026 Rotondella (MT), Італія; paolo.iovieno@enea.it
* перапіска: rosa.mazzeo@unifg.it (РМ); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Анатацыя:
Лук (Allium cepa L.) з'яўляецца другой па значнасці агародніннай культурай ва ўсім свеце і шырока цэніцца за сваю карысць для здароўя. Нягледзячы на значную эканамічную значнасць і каштоўнасць у якасці функцыянальнага прадукту харчавання, генетычная разнастайнасць лука даследавана слаба. Тут мы вывучылі генетычныя варыяцыі чырвонага лука Acquaviva (ARO), мясцовага гатунку з векавой гісторыяй вырошчвання ў невялікім горадзе ў правінцыі Бары (Апулія, поўдзень Італіі). Набор з 11 мікрасатэлітных маркераў быў выкарыстаны для вывучэння генетычных варыяцый у калекцыі зародкавай плазмы, якая складаецца з 13 папуляцый ARO і трох распаўсюджаных камерцыйных тыпаў. Аналіз генетычнай структуры з дапамогай параметрычных і непараметрычных метадаў паказаў, што ARO ўяўляе сабой выразна вызначаны генафонд, выразна адрозны ад ландрас Tropea і Montoro, з якімі яго часта памылкова прымаюць. Каб даць апісанне цыбулін, якія звычайна выкарыстоўваюцца для ўжывання ў свежым выглядзе, былі ацэнены ўтрыманне растваральных цвёрдых рэчываў і вастрыня, што паказала больш высокую салодкасць у ARO у параўнанні з двума вышэйзгаданымі мясцовымі гатункамі. У цэлым, цяперашняе даследаванне карысна для будучай валорызацыі ARO, якую можна прасоўваць праз знакі якасці, якія могуць спрыяць абмежаванню камерцыйнага махлярства і павышэнню даходаў дробных гаспадароў.
Увядзенне
Род чарамшы (Allium) налічвае каля 750 відаў [1] , сярод якіх адным з самых распаўсюджаных з'яўляецца лук (Allium cepa L., 2n = 2x =16). A. cepa мае двухгадовы цыкл і ауткроссінг рэпрадуктыўныя паводзіны. Сёння сусветная вытворчасць цыбулі (97.9 млн т) робіць яе другой па значнасці агародніннай культурай пасля таматаў [2]. З даўніх часоў рэпчаты лук выкарыстоўвалі як у ежу, так і ў народнай медыцыне. Сапраўды, старажытныя егіпцяне ўжо паведамлялі аб некалькіх тэрапеўтычных формулах, заснаваных на выкарыстанні часныку і цыбулі, у медыцынскім папірусе 1550 г. да н.э., Кодэксе Эберса [3].
Гэтую універсальную і карысную гародніну ўжываюць у сырам, свежым або апрацаваным выглядзе і выкарыстоўваюць для паляпшэння густу многіх страў. Некалькі нядаўніх даследаванняў сцвярджаюць, што ўжыванне лука можа знізіць рызыку сардэчна-сасудзістых захворванняў [4,5], атлусцення [6], дыябету [7] і розных формаў рака [8–10]. Карыснасць лука для здароўя часта тлумачыцца высокім узроўнем двух класаў нутрицевтиков: флавоноідаў і алк(эн)іл цыстэінсульфаксідаў (ACSO). Да першага класа адносяцца флавонолы і антоціаны. Кверцэцін - гэта асноўны флавонол, які можна выявіць, вядомы сваімі моцнымі антіоксідантнымі і супрацьзапаленчымі ўласцівасцямі ў паглынанні свабодных радыкалаў і звязванні іёнаў пераходных металаў [11]; у той час як антоціаны надаюць чырвоны/фіялетавы колер некаторым гатункам лука. Што тычыцца ACSO, найбольш распаўсюджаны изоаллиин [(+)-транс-S-1-пропенил-L-цистеинсульфоксид] [12], энерганезалежная і непратэінагенная серная амінакіслата, якая захоўваецца ў клетках, якая ўскосна адказвае за рэзкі водар і густ цыбулі [13]. Пры разбурэнні тканіны изоаллиин расшчапляецца ферментам аллииназой з утварэннем шэрагу лятучых злучэнняў (пірувата, аміяку, тиосульфонатов і пропанетиального S-аксіду), якія выклікаюць слёзацёк і выклікаюць непрыемны пах (рэзкасць) [14]. Вострыну цыбулі часта вымяраюць як колькасць на грам свежай вагі піровиноградной кіслаты, якая ўтвараецца ў выніку гідролізу [15.16].
У краінах Міжземнаморскага басейна прапанаваны як адзін з другасных цэнтраў разнастайнасці A. cepa [17.18], цыбуліны цыбулі адрозніваюцца вялікай разнастайнасцю па форме, памеру, колеры, сухому рэчыву і вастрыні [19-22]. Больш за тое, унясенне ўгнаенняў на аснове серы, агратэхнічныя метады, тып глебы, кліматычныя ўмовы і генатып культывараў або мясцовай расы могуць уплываць на якасць цыбулін, надаючы своеасаблівыя арганалептычныя і пажыўныя каштоўнасці [23-27]. У Італіі, нягледзячы на шырокую даступнасць зародкавай плазмы лука, толькі некалькі гатункаў лука часта падвяргаюцца навуковым даследаванням і належным чынам характарызуюцца [28.29].
Дбайная генетычная і фенатыпічная характарыстыка аграбіяразнастайнасці мае вырашальнае значэнне для забеспячэння належнага захавання генетычных рэсурсаў раслін і садзейнічання выкарыстанню пэўных генатыпаў у ланцужку стварэння кошту [30-32]. Для адлюстравання часта выбіраюцца маркеры простага паўтору паслядоўнасці (SSR). [33-35], дактыласкапія ДНК і дыскрымінацыя гатункаў [36-38], і надзейная ацэнка генетычнай зменлівасці ўнутры і паміж ландрасамі [39-42], паколькі яны локус-спецыфічныя, мультыалельныя, успадкоўваюцца кодамінантна, добра ўзнаўляюцца і падыходзяць для аўтаматызаванага генатыпавання.
У гэтым даследаванні мы засяродзілі ўвагу на традыцыйным ландрасе Апуліі, «чырвонай цыбулі Аквавіва» (ARO), якая вырошчваецца ў адпаведнасці з метадамі арганічнага земляробства ў невялікім раёне горада Аквавіва дэле Фонці, у правінцыі Бары. (Апулія, Паўднёвая Італія). Цыбуліны гэтага мясцовага гатунку вялікія, пляскатыя і чырвонага колеру, і яны ў асноўным выкарыстоўваюцца ў мясцовых рэцэптах. Нягледзячы на тое, што ARO атрымала знак якасці «Slow Food Presidium», яго вытворчасць можа быць далей прасоўвана і абаронена такімі знакамі якасці Еўрапейскага саюза, як абароненае геаграфічнае ўказанне (PGI) і абароненае абазначэнне паходжання (POD), паколькі яны могуць спрыяць абмежаванню камерцыйнае махлярства і павышэнне даходаў дробных гаспадароў. Тут малекулярныя маркеры SSR выкарыстоўваліся ў якасці магутных інструментаў для ацэнкі генетычных варыяцый сярод папуляцый ARO і для адрознення гэтага ландраса ад двух іншых паўднёваітальянскіх гатункаў чырвонага лука. Акрамя таго, мы ацанілі вастрыню і ўтрыманне растваральных цвёрдых рэчываў, каб ацаніць густ ARO ў сувязі з рынкавым попытам.
Вынікі
Стварэнне збору зародкавай плазмы чырвонага лука Acquaviva і марфалагічная характарыстыка
Для стварэння калекцыі зародкавай плазмы ARO выкарыстоўваліся насенне 13 папуляцый ландраса ARO, перададзеныя фермерамі ў рамках праекта BiodiverSO рэгіёну Апулія.
Марфалагічныя дэскрыптары, звязаныя з цыбулінай, скуркай і мякаццю, былі сабраны на зародкавай плазме ARO і на трох мясцовых гатунках цыбулі, дзве з якіх належалі да мясцовай гатунку «Чырвоная цыбуля Тропея» (TRO), а адна — да мясцовай гатунку «Медная цыбуля Монторо» (MCO) (малюнак 1). Усе цыбуліны ARO былі плоскімі і характарызаваліся чырвонай вонкавай абалонкай і мякаццю з рознымі адценнямі чырвонага. Наадварот, мякаць цыбулін TRO была цалкам чырвонай, у той час як мякаць цыбулін MCO была дрэнна пігментаваная (табліца S1). Біяхімічны аналіз дазволіў ацаніць утрыманне цвёрдых растваральных рэчываў і вастрыню. Як паведамляецца ў табл 1, сярэднія значэнні ўтрымання цвёрдых рэчываў у цыбулінах у папуляцыях ARO складалі 7.60 і вагаліся ад 6.00 (ARO12) да 9.50° Брыкса (ARO11 і ARO13). Гэта значэнне было вышэй, чым разлічанае для ландрасаў TRO і MCO (4.25 і 6.00° Брыкса адпаведна).
Табліца 1. Утрыманне цвёрдых рэчываў, растваральных рэчываў і вастрыня, ацэненыя ў папуляцыях «Acquaviva Red Onion» (ARO), «Tropea Red Onion» (TRO) і «Montoro Copper Onion» (MCO) *.
КОД | Утрыманне растваральных цвёрдых рэчываў (Брыкс) | Пікантнасць (pмолг-1 FW) | ||
сярэдняе | CV y (%) | сярэдняе | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 | 22.98 |
ARO3 | 7.50 XNUMX XNUMX БХД | 9.42 | 5.28 аб | 22.88 |
ARO4 | 7.50 XNUMX XNUMX БХД | 0.00 | 6.97 | 3.74 |
HOOP 5 | 7.50 XNUMX XNUMX БХД | 0.00 | 6.80 | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 аб | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 аб | 15.44 |
ARO8 | 9.00 А.Б. | 0.00 | 7.04 | 3.49 |
ARO9 | 8.25 Азбука | 4.28 | 6.84 | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 аб | 6.57 |
ARO11 | 9.50 | 7.44 | 5.54 аб | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 аб | 9.70 |
ARO13 | 9.50 | 7.44 | 6.63 | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 аб | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 б | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 аб | 4.79 |
* Значэнні з аднолькавымі літарамі ў вялікім і малым рэгістрах статыстычна не адрозніваюцца на 0.01P або 0.05P адпаведна (тэст SNK). y Каэфіцыент варыяцыі.
Сярэдняе значэнне рэзкасці ARO, ацэненае па ўтрыманню піровиноградной кіслаты, склала 6.00, вагалася ў межах 4.51 пмоль г-1 FW (ARO6) да 7.04 (ARO8). Гэта значэнне было вышэй, чым ацэненае ў TRO і MCO ландрас (3.54 пмоль г-1 FW і 4.18 пмоль г-1 FW, адпаведна).
Палімарфізм SSR і генетычныя адносіны сярод узораў
У дадзеным даследаванні 11 з 37 правераных камбінацый праймераў SSR забяспечылі палімарфізм аднаго локуса, г.зн. даючы не больш за два прадуктаў ампліфікацыі ў аднаго чалавека. У цэлым у 55 чалавек было выяўлена 320 алеляў з колькасцю алеляў на локус ад 2 (ACM147 і ACM 504) да 11 (ACM132) і сярэднім значэннем 5 алеляў (табл. 2). У асобных папуляцыях колькасць алеляў (Na) вагалася ад 1.94 (ACM147 і ACM504) да 5.38 (ACM132), тады як эфектыўная колькасць алеляў (Ne) вагалася ад 1.41 (ACM152) да 2.82 (ACM449). Разыходжанні паміж значэннямі Na і Ne былі абумоўлены наяўнасцю ў папуляцыях алеляў з нізкай частатой і перавагай толькі некалькіх алеляў. Самае высокае назіранае значэнне гетерозиготности (Ho) было вылучана для ACM138 і ACM449 (0.62), у той час як самае нізкае было звязана з ACM152 (0.25). Чаканая гетерозиготность (He), якая адпавядае тэарэтычнаму чаканню ў панмиктической папуляцыі, вагалася ад 0.37 (ACM504) да 0.61 (ACM132, ACM138 і ACM449). Індэкс фіксацыі Райта (Fis) адлюстроўваў значэнні, блізкія да нуля (у сярэднім 0.05) для ўсіх маркераў, паказваючы аднолькавыя значэнні паміж назіраным і чаканым узроўнем гетэразіготнасці, як і чакалася для ауткроссінгавых відаў. Эфектыўнасць індывідуальнага SSR-маркера ў генетычнай дактыласкапіі ацэньвалася па індэксе паліморфнага інфармацыйнага зместу (PIC) з сярэднім значэннем 0.48 і вар'іравалася ад 0.33 (ACM504) да 0.67 (ACM132). Іншы індэкс эфектыўнасці, інфармацыйны індэкс Шэнана (I) адлюстроўваў сярэдняе значэнне 0.84, а меркаваныя значэнні вагаліся ад 0.45 (ACM152) да 1.20 (ACM132).
Табліца 2. Асаблівасці палімарфізму 11 маркераў SSR, якія выкарыстоўваюцца для ацэнкі генетычнай разнастайнасці ў папуляцыях ARO, TRO і MCO. Агульная колькасць алеляў (Na), дыяпазон памераў паласы і індэкс зместу паліморфнай інфармацыі (PIC) Спасылайцеся на агульны набор з 320 асобін, генатыпаваных у гэтым даследаванні. Колькасць алеляў (Na), колькасць эфектыўных алеляў (Ne), назіраная гетэразіготнасць (Ho), чаканая гетэразіготнасць (He), індэкс фіксацыі (Fis), і інфармацыйны індэкс Шэнана (I) адносяцца да сярэдніх значэнняў, разлічаных з 16 папуляцый, кожная з якіх складаецца з 20 асоб.
Локус. | Усяго Na | Дыяпазон памераў (bp) | PIC | сярэдняе | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | 0.02- |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | 0.01- |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | 0.06- |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | 0.03- |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
сярэдняе | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Сярод папуляцый ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 і MCO дэманстравалі высокі ўзровень генетычнай варыяцыі (Ho > 0.5), у той час як самая нізкая разнастайнасць назіралася ў папуляцыі ARO7 (Ho = 0.27) (дадатковая табліца S2). Увогуле, ва ўсіх узорах выяўлены Fis значэння, блізкія да нуля (Fis сярэдняе значэнне = 0.054), як і чакалася пры выпадковых умовах спарвання.
Аналіз малекулярнай дысперсіі і генетычнай структуры
Іерархічнае раздзяленне генетычных варыяцый сярод і ўнутры папуляцый было вылічана AMOVA. Вынікі выявілі значную долю генетычных варыяцый у папуляцыях (87%). Розніца паміж папуляцыямі, 13%, была вельмі значнай (P <0.001) (табл 3). Парныя значэння параметру Fpt, аналага індэкса фіксацыі Fst Райта, у дыяпазоне ад 0.002 (ARO2/ARO10) да 0.468 (ARO7/TRO2), былі значнымі (P <0.05), за выключэннем дзевяці парных параўнанняў (дадатковая табліца S3).
Табліца 3. Аналіз малекулярнай дысперсіі 320 генатыпаў з 16 папуляцый Allium cepa L.
крыніца | df | Сума квадратаў | Ацэнка дысперсіі | Дысперсія (%) | Fpt | P |
Сярод насельніцтва | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
У папуляцыях | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Цэна | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Даследаванне генетычнай структуры ў A. cepa калекцыя, генатыпаваная ў гэтым даследаванні, была выканана з дапамогай кластарнага аналізу на аснове мадэлі прымесі, рэалізаванага ў праграмным забеспячэнні STRUCTURE. Метад Evanno AK прапанаваў разбіццё на два кластара (K = 2) як найбольш інфарматыўны для нашага dataset,з ыe наступны найвыш.пеак і К = 5 (дапаўненне малюнка S1). для К = 2, aл.з.opуляцыі жперш чым азадакigned да onіf два кластары з каэфіцыент rnernbertoip (q) > 0.7. Як сhoвн у Малюнак 2a, першы кластар (пад назвай S1) уключаў MCO і ўсе папуляцыі ARO, у той час як кластар S2 згрупаваў дзве папуляцыі TRO. Пры K = 5 забяспечвае больш глыбокае апісанне набору даных (мал 2b), 75% узораў былі аднесены да аднаго з пяці кластараў. Падзел паміж ARO (S1) і TRO (S2) быў пацверджаны, хоць некаторыя папуляцыі ARO былі змешаны (q <0.7) або згрупаваны асобна ў двух новых кластарах S3 і S4 (ARO7 і ARO12 адпаведна). Цікава, што камерцыйны тып MCO утварыў асобны кластар (S5), аддзелены ад апулійскай чырвонай цыбулі.
Генетычныя адносіны паміж папуляцыямі
Палімарфізм SSR дазволіў скласці дэндраграму генетычнай разнастайнасці, а вынікі філагенетычнага аналізу паказаны на малюнку 3a. Тут калекцыя зародкавай плазмы была падзелена на пяць груп, моцна падмацаваных значэннямі загрузкі. Папуляцыі ARO7 і ARO12 былі неадкладна аддзелены ад астатніх папуляцый і ўтварылі два розныя кластары. Трэці кластар уключаў дзве камерцыйныя папуляцыі TRO, у той час як чацвёрты вузел падзяляў MCO з адзінаццаці папуляцый ARO. Генетычныя адносіны паміж папуляцыямі былі дадаткова даследаваны з дапамогай аналізу галоўных каардынат (PCoA) (малюнак 3b). Як адзначалася раней, папуляцыі ARO былі шчыльна згрупаваны, за выключэннем ARO12 і ARO7, якія з'яўляліся ў асобных месцах на графіцы PCoA. Два TRO і папуляцыі MCO былі раскіданы ў ніжняй правай панэлі графіка.
Малюнак 3. Генетычная разнастайнасць сярод 16 A. cepa папуляцыі, ахарактарызаваныя ў гэтым даследаванні, на аснове іх SSR профілю. (a) Дэндраграма генетычнай адлегласці UPGMA. Значэнні падтрымкі Bootstrap >50 пазначаны над адпаведнымі вузламі; (b) аналіз галоўных кампанентаў (PCoA). Кластар, абведзены чырвоным, цалкам супадае з групай, створанай у выніку філагенетычнага аналізу і складзенай з 11 асобнікаў ARO.
Абмеркаванне
У вялікай колькасці сельскагаспадарчай біяразнастайнасці, якая традыцыйна культывуецца ў Паўднёвай Італіі, цыбуля мясцовага гатунку ўяўляе сабой нішавую прадукцыю, якую неабходна захаваць ад рызыкі генетычнай эрозіі і пагрозы замены сучаснымі гатункамі. У рамках рэгіянальнага праекта BiodiverSO, накіраванага на збор, характарыстыку, прасоўванне і ахову генетычных рэсурсаў рэгіёна Апулія, цесна звязаных з мясцовай спадчынай, мы стварылі калекцыю насення 13 папуляцый ландраса ARO. Мы паведамілі пра першую ацэнку варыяцый ARO з пункту гледжання палімарфізму ДНК і двух біяхімічных параметраў, утрымання растваральнай цвёрдай рэчывы і піровиноградной кіслаты, якія адносяцца да смакавых асаблівасцей і маюць значэнне для прыняцця свежых неапрацаваных прадуктаў. Акрамя таго, даныя аб мясцовай гатунку ARO параўноўвалі з дадзенымі, сабранымі аб двух іншых пігментаваных гатунках цыбулі, з якімі часта памыляліся.
Біяхімічны аналіз паказаў слодыч 13 папуляцый ARO, звязаны з высокім утрыманнем растваральных цвёрдых рэчываў і сярэдняй вастрынёй, у адпаведнасці з рэкамендацыямі па вытворчасці салодкай цыбулі [31]. Цыбуліны ARO былі саладзейшымі, чым цыбуліны TRO і MCO ландрас, і дэманстравалі крыху больш высокую вастрыню. Аднак слодыч у цыбулі абумоўлена балансам паміж утрыманнем цукру і вастрынёй, таму гэтая характарыстыка можа быць карыснай для падтрымкі выбару каштоўных генатыпаў, які звычайна праводзіцца фермерамі толькі на аснове марфалогіі.
Было пацверджана, што маркеры SSR з'яўляюцца карысным інструментам для адрознення генатыпаў, хаця і сабраныя ў вузкай зоне вырошчвання, такой як горад Аквавіва-дэле-Фонці. Выбраныя маркеры дэманструюць большую колькасць алеляў, чым раней адзначаныя маркеры [43] і [44], але ніжэй за маркеры, пра якія паведамляе [45]. Больш за тое, 50% нашага набору маркераў паказалі значэнні індэкса PIC больш за 0.5, што апынулася прыдатным для дыскрымінацыі папуляцый у калекцыі, як было прапанавана [46]. Ацэнка разнастайнасці ў папуляцыях выявіла падобныя значэнні Ho і He, што прывяло да нізкага Fis каштоўнасці. Гэта ўзгадняецца з прыродай ауткросінгу A. cepa, які сур'ёзна пакутуе ад інбрыдынгавай дэпрэсіі [47]. Агульны Fis значэнне, разлічанае ў папуляцыях цыбулі, разгледжаных у гэтым даследаванні (0.054), было ніжэй, чым раней паведамленае [45] (0.22) і амаль супадае з знойдзеным [31] (0.08) і [48] (0.00), якія ацанілі генетычнае разнастайнасць цыбулі мясцовай гатункі з паўночнага захаду Іспаніі і Нігера адпаведна. Вартыя ўвагі ўзроўні гетэразіготнасці ў папуляцыях ARO пацвярджаюць уяўленне аб тым, што Апулія з'яўляецца цэнтрам разнастайнасці многіх садаводчых відаў [32, 42, 49-51].
AMOVA падкрэсліла, што большасць малекулярных варыяцый у калекцыі, генатыпаванай у гэтым даследаванні, знаходзіцца ў папуляцыях. Аднак значная генетычная дыферэнцыяцыя сярод папуляцый (FPT значэння) выяўлена ўзнікненне генетычнай стратыфікацыі. Фактычна, хаця нашы вынікі паказалі наяўнасць генетычнай аднастайнасці ў большасці папуляцый ARO, утвараючы выразна акрэслены кластар, папуляцыі ARO7 і ARO12 дэманстравалі выразна адрозны генетычны профіль. Гэты вынік можа быць звязаны з розным паходжаннем насення, якое выкарыстоўвалі два фермеры, з якіх былі сабраны папуляцыі. Больш за тое, зыходзячы з атрыманых вынікаў, можна лічыць, што мясцовая раса ARO выразна адрозніваецца на генетычным узроўні ад мясцовай расы TRO і MCO. У нядаўнім даследаванні, [29] ацаніў генетычнае разнастайнасць некалькіх італьянскіх гатункаў лука, у тым ліку «Аквавіва», «Тропеа» і «Монторо». Нягледзячы на тое, што аўтары выкарыстоўвалі маркеры SNP для ацэнкі генетычнай разнастайнасці больш шырокай калекцыі цыбулі, генатыпаванне не змагло адрозніць «Acquaviva» ад цыбулі «Tropea» і «Montoro». Верагодна, гэта разыходжанне звязана з нізкім знойдзеным сярэднім значэннем PIC (0.292), што сведчыць аб сціплай агульнай інфарматыўнасці аналізуемых локусов, як сцвярджае [29]. Акрамя таго, для таго, каб даследаваць наяўнасць падструктуры ў іх італьянскім кластары, было б лепш прааналізаваць італьянскія генатыпы асобна ад астатняй калекцыі. Верагодна, гэта дазволіла б візуалізаваць мадэль генетычнай разнастайнасці, звязаную з геаграфічнай стратыфікацыяй або прыкметамі пры эмпірычным адборы.
У заключэнне, дадзенае даследаванне ўяўляе сабой вычарпальную справаздачу аб мясцовай цыбулі, звязанай з мясцовай культурнай спадчынай і эканамічнай важнасцю для фермераў. Нашы вынікі падкрэсліваюць, што, за некаторымі выключэннямі, ARO характарызуецца дакладна вызначаным генафондам, які заслугоўвае захавання ад рызыкі генетычнай эрозіі. Такім чынам, стварэнне прадстаўнічай калекцыі гэтай каштоўнай крыніцы генетычнай разнастайнасці было вырашальным. Нарэшце, генетычная і фенатыпічная характарыстыка ARO можа быць карыснай для атрымання знакаў якасці ад Еўрапейскага Саюза.
Матэрыялы і метады
Збор зародкавай плазмы, раслінны матэрыял і вылучэнне ДНК
Набор з 13 папуляцый ландраса ARO быў набыты ў рамках праекта рэгіёну Апулія (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), праз серыю місій, выкананых у «Acquaviva delle Fonti», невялікім горадзе Апуліі ў правінцыі Бары, Італія. Месцы калекцыі кожнага ўзору былі нанесены на карту праз Геаграфічную інфармацыйную сістэму (ГІС) і пададзены ў табл 4. Акрамя таго, дзве папуляцыі з мясцовасці TRO і адна папуляцыя з мясцовасці MCO былі ўключаны ў дадзенае даследаванне і выкарыстоўваліся ў якасці спасылак. Увесь раслінны матэрыял вырошчваўся ў аднолькавых умовах навакольнага асяроддзя на эксперыментальнай ферме “P Martucci” Універсітэта Бары (41° 1'22.08″ пн.ш., 16°54'25.95″ у.д.), у абароненых клетках, каб пазбегнуць перакрыжаванага апылення сярод папуляцыі і забеспячэнне ўнутрыпапуляцыйнага апылення з дапамогай мух (Люцылія Цэзар). 16 папуляцый характарызаваліся па прыкметах, звязаных з памерам і формай цыбуліны, а таксама колерам скуры і мякаці (табліца S1). Акрамя таго, быў праведзены аналіз утрымання цвёрдых рэчываў, растваральных з выкарыстаннем ручнога рэфрактометра, і рэзкасць была вымераная ва ўзорах цыбульнага соку з даданнем 2,4-дынітрафенілгідразіну (0.125% v/v у 2 н. HCl) і ацэньваючы паглынанне пры 420 нм, як паведамляе [31]. Для вызначэння наяўнасці істотных адрозненняў былі праведзены шматдыяпазонны тэст Дункана і тэст SNK.
Табліца 4. Спіс папуляцый, сабраных і генатыпаваных у гэтым даследаванні. Для кожнай папуляцыі паведамляецца ідэнтыфікацыйны код, мясцовая назва, каардынаты GPS і генны банк, які захоўвае насенне.
код | Імя | Каардынаты GPS | Банк генаў y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Ды.ССПА |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Ды.ССПА |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Ды.ССПА |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Ды.ССПА |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Ды.ССПА |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Ды.ССПА |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Ды.ССПА |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Ды.ССПА |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54"51.372″ N 16°49"3.504" E | Ды.ССПА |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Ды.ССПА |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52"49.8″ N 16°49"48.575" E | Ды.ССПА |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Ды.ССПА |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Ды.ССПА |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Ды.ССПА |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Ды.ССПА |
MCO | Чыпола рамата дзі Монтора | - | Ды.ССПА |
y Di.SSPA, Дэпартамент глебы, раслін і харчовых навук, Універсітэт Бары. |
Матэрыял лісця 20 генатыпаў на папуляцыю быў узяты і захаваны пры -80 °C да выкарыстання. Для багатых поліцукрыдамі відаў, як A. cepa, першыя крокі па выдаленні поліцукрыду неабходныя для атрымання якаснай ДНК, таму першапачатковыя прамыванні ў буферы STE (0.25 М цукрозы, 0.03 М Трыс, 0.05 М ЭДТА) праводзіліся, як апісана [52]. Агульная ДНК была выдзелена метадам CTAB [53] і, нарэшце, ён быў правераны на якасць і канцэнтрацыю з дапамогай спектрафатометра Nano Drop 2000 UV-vis (ThermoScientific, Waltham, MA, ЗША) і электрафарэзу ў 0.8% агарозным гелі.
Аналіз ССР
16 камбінацый праймераў EST-SSR, распрацаваных [54] і раней пратэставаны ў даследаваннях генетычнай разнастайнасці [43] і [44] і 21 геномная ССР [45-55] былі правераны для ацэнкі іх прыдатнасці (дадатковая табліца S4). Генатыпаванне праводзілася з выкарыстаннем эканамічнага метаду флуарэсцэнтнай пазнакі, пры якім хвост M13 дадаецца да кожнага праймера SSR. [56]. Сумесі для ПЦР былі падрыхтаваны ў 20 гл рэакцыі, якая змяшчае: 50 нг агульнай ДНК, 0.2 мМ сумесі dNTP, 1X буфера для рэакцыі ПЦР, 0.8 ЕД ДНК-полимеразы DreamTaq (Thermo Scientific, Waltham, MA, ЗША), 0.16 гМ зваротнага праймера. , 0.032 гМ прамога праймера, пашыранага паслядоўнасцю M13 (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3'), і 0.08 гМ універсальнага праймера M13, пазначанага флуоресцентными фарбавальнікамі FAM або NED (Sigma-Aldrich, Сэнт-Луіс, Місуры, ЗША). ПЦР-рэакцыі праводзілі ў тэрмацыклеры SimpliAmp (Applied Biosystems, Каліфорнія, ЗША) пры наступных умовах для большасці пар праймераў: 94 °C на працягу 5 хвілін, 40 цыклаў пры 94 °C на працягу 30 секунд, 58 °C. на працягу 45 с і 72 °C на працягу 45 с і канчатковае падаўжэнне пры 72 °C на працягу 5 хвілін. Што тычыцца ACM446 і ACM449, была прыменена ПЦР прызямлення з адпалам ад 60 °C да 55 °C на працягу 10 цыклаў, 30 цыклаў пры 55 °C з наступным канчатковым падаўжэннем на 5 хвілін пры 72 °C. Прадукты ПЦР загружалі ў 96-лункавы планшэт і змешвалі з 14 г Hi-Di Formamide (Life Technologies, Карлсбад, Каліфорнія, ЗША) і 0.5 г GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Карлсбад, Каліфорнія, ЗША). Ампліконы былі разабраны з дапамогай машыны капілярнага секвенавання ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Карлсбад, штат Каліфорнія, ЗША), дзе алелі былі ацэнены як кодамінуючыя і прызначаны з дапамогай праграмнага забеспячэння GeneMapper версіі 3.7.
Праграмнае забеспячэнне GenAlEx 6.5 [57] і Cervus 3.0.7 [58] былі выкарыстаны для ацэнкі колькасці алеляў (Na), колькасці эфектыўных алеляў (Ne), назіранай гетерозиготности (Ho), чаканай гетерозиготности (He), паліморфнага ўтрымання інфармацыі (PIC), індэкса інфармацыі Шэнана (I) і індэкса фіксацыі (Fis ) для кожнага локуса SSR.
Ацэнка генетычнай разнастайнасці
Іерархічнае раздзяленне генетычных варыяцый сярод і ўнутры папуляцый цыбулі было ацэнена GenAlEx 6.5 [57] праз аналіз малекулярнай дысперсіі (AMOVA) з пачатковай загрузкай 999 для праверкі значнасці. Акрамя таго, праграмнае забеспячэнне GenAlEx 6.5 выкарыстоўвалася для ацэнкі разнастайнасці ў кожнай папуляцыі шляхам вылічэння сярэдняга значэння Ho, He і Fis па ўсіх локусах SSR.
Структура насельніцтва была выведзена з дапамогай алгарытму кластарызацыі на аснове байесаўскай мадэлі, рэалізаванага ў праграмным забеспячэнні STRUCTURE v.2.3.4 [59]. Набор даных быў запушчаны з шэрагам гіпатэтычных кластараў (K) у дыяпазоне ад 1 да 10, усталяваўшы дзесяць незалежных прагонаў для кожнага значэння K. Для кожнага прагону з мэтай праверкі ўзгодненасці вынікаў было выканана 100,000 100,000 пачатковых перыядаў выгарання і XNUMX XNUMX ітэрацый ланцуга Маркава Монтэ-Карла (MCMC) у адпаведнасці з мадэллю прымешкі і незалежнымі частотамі алеляў сярод папуляцый. Найбольш верагоднае значэнне К было вызначана з дапамогай метаду АК, апісанага а [60], у вэб-праграме STRUCTURE HARVESTER [61]. Асобная папуляцыя была аднесена да пэўнага кластара, калі яе каэфіцыент прыналежнасці (q-значэнне) быў вышэй за 0.7, у адваротным выпадку яна лічылася са змешаным паходжаннем.
Аналіз асноўных каардынат быў выкананы для таго, каб візуалізаваць мадэлі генетычных сваяцтваў паміж асобнікамі, выяўленыя матрыцай генетычнай адлегласці Нея (дадатковая табліца S5). На аснове частот алеляў была пабудавана дэндраграма генетычнай адлегласці з выкарыстаннем метаду няўзважанай парнай групы з кластарным аналізам сярэдніх арыфметычных (UPGMA) у праграмным забеспячэнні POPTREEW [62]. Для ацэнкі ўпэўненасці ў іерархічнай кластарызацыі быў ужыты пачатковы этап, усталяваны паўторная выбарка набору даных на 100. Нарэшце, праграмнае забеспячэнне MEGA X [63] выкарыстоўваўся як праграма для малявання дрэў.
Дадатковыя матэрыялы: Ніжэй можна азнаёміцца на сайце http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Табліца S1: Марфалагічная характарыстыка цыбулін ARO, MCO і TRO. Табліца S2: Гетэразіготнасць і індэксы фіксацыі, разлічаныя для мясцовай расы ARO і мясцовай расы TRO і MCO. Табліца S3: парныя значэнні параметра Fpt. Табліца S4: Спіс SSR, выкарыстаных у даследаванні. Табліца S5. Парная папуляцыйная матрыца генетычнай адлегласці Nei. Малюнак S1: Лінейная дыяграма значэнняў K, якія змяняюцца ў залежнасці ад Delta K Эвана.
Аўтар Артыкул: CL і LR задумалі даследаванне і распрацавалі эксперымент; CL і PI правялі аналіз малекулярных маркераў; ARM і VZ правялі палявыя выпрабаванні; RM, SP, GR і CL былі ўцягнутыя ў аналіз дадзеных; RM і CL напісалі рукапіс. Усе аўтары прачыталі і пагадзіліся з апублікаванай версіяй рукапісу.
фінансаванне: Гэтая праца была прафінансавана рэгіянальным апулійскім праектам «Біяразнастайнасць апулійскіх відаў гародніны»—Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Місура 10—Сатамісура 10.2; грант CUP H92C15000270002, Італія.
пацверджання: Выказваем падзяку «Azienda Agricola Iannone Anna» і «Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva» за прадастаўленне раслінных матэрыялаў, якія выкарыстоўваліся ў эксперыменце.
Канфлікты інтарэсаў: Аўтары заяўляюць аб адсутнасці канфлікту інтарэсаў.
Спасылкі
- 1. Stearn, WT Колькі відаў Allium вядома? Kew Mag. 1992, 9, 180–182. [CrossRef]
- 2. ФАСТАТ. База статыстычных даных ФАО. Даступна ў Інтэрнэце: http://www.fao.org/2017 (прагледжана 8 студзеня 2019 г.).
- 3. Блок Э. Хімія часныку і лука. Sci. Am. 1985, 252, 114–119. [CrossRef]
- 4. Лі, Б.; Юнг, Дж.Х.; Кім, HS Ацэнка чырвонага лука на антіоксідантную актыўнасць у пацукоў. Харчовая хім. Таксікол. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Лі, С.М.; Месяц, Дж.; Чунг, Дж.Х.; Ча, YJ; Шын, MJ Уплыў багатых кверцетін экстрактаў цыбульнай шалупіны на артэрыяльны трамбоз у пацукоў. Харчовая хім. Таксікол. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Ёсінары, О.; Сіёдзіма, Ю.; Igarashi, K. Анты-атлусценне эфекты экстракта лука ў Zucker дыябетычных тоўстых пацукоў. пажыўныя рэчывы 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Акаша, МШ; Рэман, К.; Chen, S. Spice plant Allium cepa: БАД для лячэння цукровага дыябету 2 тыпу. Харчаванне 2014, 30, 1128–1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Ван Ю.; Цянь, WX; Ма, XF Інгібіруючыя эфекты лука (Allium cepa L.) экстракт на праліферацыі ракавых клетак і адыпацытаў шляхам інгібіравання синтазы тоўстых кіслот. азіяцкі пак. J. Рак Папярэд. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Лай, WW; Хсу, SC; Чуэ, FS; Чэнь, YY; Ян, JS; Лін, Дж.П.; Лянь, JC; Цай, CH; Chung, JG Кверцэцін інгібіруе міграцыю і інвазію ракавых клетак паражніны рота чалавека SAS праз інгібіраванне сігнальных шляхоў NF-kappaB і матрычнай металапратэіназы-2/-9. Супрацьракавым Res. 2013, 33, 1941–1950. [PubMed]
- 10. Нікастра, HL; Рос, SA; Milner, JA Часнок і лук: іх ўласцівасці прафілактыкі рака. Рак Папярэд. Рэз. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Фортэ, Л.; Тарычэлі, П.; Бааніні, Э.; Гаццана, М.; Рубіні, К.; Фіні, М.; Бігі, А. Антыаксідант і ўласцівасці аднаўлення костак кверцетін-функционализированных гидроксиапатита: даследаванне сумеснай культуры остеобласт-остеокласт-эндотелиальных клетак у прабірцы. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Ямазакі, Ю.; Івасакі, К.; Мікамі, М.; Yagihashi, A. Размеркаванне адзінаццаці папярэднікаў водару, S-Alk (en) yl-L-цистеина вытворных, у сямі гародніне Allium. Харчовая навук. тэхнал. Рэз. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Блок, Э. Сераарганічны склад роду Allium - наступствы для арганічнай хіміі серы. Анжу. хім. міжнар. Рэд. англ. 1992, 31, 1135–1178. [CrossRef]
- 14. Грыфітс, Г.; Труман, Л.; Кроўтэр, Т.; Томас, Б.; Сміт, Б. Лук - глабальная карысць для здароўя. Фітатэра. Рэз. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Швімер, С.; Weston, WJ Ферментатыўнае развіццё пировиноградной кіслаты ў луку ў якасці меры рэзкасці. Ж. Агрык. Харчовая хім. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Кэттэр, КЭТ; Randle, WM Ацэнка вастрыні лука. У Правераныя даследаванні для лабараторнага навучання; Karcher, SJ, Рэд.; Асацыяцыя біялагічнай лабараторнай адукацыі (ABLE): Нью-Ёрк, Нью-Ёрк, ЗША, 1998; Том 19. С. 177-196.
- 17. Ханелт, П. Таксанамія, эвалюцыя і гісторыя. У Лук і сумежныя культуры, Vol. I. Батаніка, фізіялогія і генетыка; Рабіновіч, HD, Брустэр, JL, Рэд.; CRC Press: Бока Ратан, Фларыда, ЗША, 1990; С. 1-26.
- 18. Рабіновіч, Х.Д.; Карра, Л. Раслінаводства лука: апошнія дасягненні; Выдавецтва CABI: Wallingford, Вялікабрытанія, 2002.
- 19. Мэллор, К.; Карраведо, М.; Эстопанан, Г.; Мэллор, Ф. Характарыстыка генетычных рэсурсаў лука (Allium cepa L.) ад іспанскага другараднага цэнтра разнастайнасці. Пралёт. Ж. Агрык. Рэз. 2011, 9, 144–155. [CrossRef]
- 20. Ферыёлі, Ф.; D'Antuono, Л. Ф. Ацэнка фенольных злучэнняў і сульфоксидов цистеина ў мясцовай зародкавай плазме лука і шалота з Італіі і Украіны. Генет. Рэсурс. Crop Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Петрапулас, SA; Фернандэс, А.; Баррос, Л.; Ферэйра, ICFR; Нтацы, Г. Марфалагічнае, харчовае і хімічнае апісанне "vatikiotiko", мясцовага лука з Грэцыі. Харчовая хім. 2015,182, 156–163. [CrossRef]
- 22. Лігуоры, Л.; Адылета, Г.; Наццаро, Ф.; Фраціані, Ф.; Ды Матэа, М.; Albanese, D. Біяхімічныя, антыаксідантныя ўласцівасці і антымікробная актыўнасць розных гатункаў лука ў Міжземнаморскім раёне. J. Food Meas. характар. 2019,13, 1232–1241. [CrossRef]
- 23. Ю, К.С.; Шчупак, Л.; Кросбі, К.; Джонс, Р.; Лесковар, Д. Адрозненні ў вастрыні лука ў залежнасці ад гатункаў, асяроддзя росту і памераў цыбулін. навук. Хорцік. 2006,110, 144–149. [CrossRef]
- 24. Біск, Н.; Пернер, Х.; Шварц, Д.; Джордж, Э.; Крох, Л.В.; Rohn, S. Размеркаванне кверцетін-3, 4'-O-diglucoside, кверцетін-4'-O-monoglucoside і кверцетін ў розных частках цыбуліны (Allium cepa L.) пад уплывам генатыпу. Харчовая хім. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Каруза, Г.; Конці, С.; Вілары, Г.; Барэлі, К.; Melchionna, Г.; Мінутола, М.; Русо, Г.; Amalfitano, C. Уплыў часу перасадкі і шчыльнасці раслін на ўраджайнасць, якасць і ўтрыманне антыаксідантаў у цыбулі (Allium cepa L.) у Паўднёвай Італіі. навук. Хорцік. 2014,166, 111–120. [CrossRef]
- 26. Перэс-Грэгарыа, MR; Рэгейра, Ж.; Сімал-Гандара, Дж.; Радрыгес, А.С.; Almeida, DPF Павышэнне дабаўленай вартасці лука як крыніцы антыаксідантных флаваноідаў: крытычны агляд. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Понл, Т.; Швайгерт, Р.М.; Карл, Р. Уплыў метаду вырошчвання і выбару гатункаў на растваральныя вугляводы і вострыя прынцыпы цыбулі (Allium cepa Л.). Ж. Агрык. Харчовая хім. 2018, 66, 12827–12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Тэдэска, І.; Карбон, В.; Spagnuolo, C.; Мінасі, П.; Russo, GL. Ідэнтыфікацыя і колькасная ацэнка флаваноідаў з двух паўднёваітальянскіх гатункаў Allium cepa L., Tropea (чырвоны лук) і Montoro (медны лук), і іх здольнасць абараняць эрытрацыты чалавека ад акісляльнага стрэсу. Ж. Агрык. Харчовая хім. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Вілана, К.; Эспазіта, С.; Каручы, Ф.; Фрусчантэ, Л.; Карпута, Д.; Аверсано, Р. Высокапрадукцыйнае генатыпаванне цыбулі паказвае структуру генетычнай разнастайнасці і інфарматыўныя SNP, карысныя для малекулярнай селекцыі. мол. парода. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Меркаці, Ф.; Лонга, С.; Пома, Д.; Араніці, Ф.; Лупіні, А.; Мамано, М.М.; Фіёрэ, MC; Абенаволі, MR; Sunseri, F Генетычная разнавіднасць італьянскага памідора з доўгім тэрмінам захоўвання (Solanum lycopersicum Л.) збор з выкарыстаннем ССР і марфалагічных прыкмет плёну. Генет. Рэсурс. Crop Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Гансалес-Перэс, С.; Мэллор, К.; Гарсес-Клавер, А.; Мэрыносаў, Ф.; Табоада, А.; Рывера, А.; Помар, Ф.; Пяровіч, Д.; Silvar, C. Вывучэнне генетычнай разнастайнасці і якасных прыкмет у калекцыі лука (Allium cepa L.) мясцовасці з паўночна-заходняй Іспаніі. Генетыка 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Лоці, К.; Iovieno, П.; Чэнтамані, І.; Маркатрыджана, AR; Фанэлі, В.; Міміёла, Г.; Summo, C.; Паван, С.; Рык'ярдзі, Л. Генетычная, біяагранамічная і харчовая характарыстыка капусты (Алеся Л. вар. ацэфала) разнастайнасць у Апуліі, Паўднёвая Італія. Разнастайнасць 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Бардара, Н.; Маркатрыджана, AR; Бракута, В.; Мацэо, Р.; Рык'ярдзі, Ф.; Лоці, К.; Паван, С.; Ricciardi, L. Генетычны аналіз рэзістэнтнасці да Orobanche crenata (Форск.) у гарох (Pisum sativum Л.) нізкастрыгалактонная лінія. Дж. Плант Патол. 2016, 98, 671-675.
- 34. Вако, Т.; Цуказакі, Х.; Ягучы, С.; Ямасіта, К.; Іта, С.; Шыгё, М. Адлюстраванне локусаў колькасных прыкмет для часу злучэння лука ў пучкі (Allium fistulosum Л.). Еўфіціка 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Дака, Н.; Мухападхяй, А.; Парытош, К.; Гупта, В.; Пентал, Д.; Pradhan, AK. Вызначэнне генных SSR і пабудова карты сувязяў на аснове SSR Brassica juncea. Эўфітыка 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Анандхан, С.; Мотэ, SR; Гопал, Дж. Ацэнка ідэнтычнасці гатунку лука з выкарыстаннем маркераў SSR. насенне Sci. тэхнал. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Мітрова, К.; Свабода, П.; Ovesna, J. Выбар і праверка набору маркераў для дыферэнцыяцыі гатункаў лука з Чэхіі. Чэшскі Я.Жэнет. Парода раслін. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Ды Рыенца, В.; Миацци, М.М.; Фанэлі, В.; Сабетта, В.; Montemurro, C. Захаванне і характарыстыка біяразнастайнасці зародкавай плазмы апуліі. Акта Хорцік. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Мэллор, С.; Арнэда-Андрэс, А.; Гарсес-Клавер, А. Ацэнка генетычнай разнастайнасці іспанскай мовы Allium cepa старонкавых гатункаў для селекцыі рэпчатай цыбулі з выкарыстаннем мікрасатэлітных маркераў. навук. Хорцік. 2014,170, 24–31. [CrossRef]
- 40. Рывера, А.; Мэллор, К.; Гарсес-Клавер, А.; Гарсія-Улоа, А.; Помар, Ф.; Сільвар, С. Ацэнка генетычнай разнастайнасці цыбулі (Allium cepa L.) мясцовасці з паўночнага захаду Іспаніі і параўнанне з еўрапейскай зменлівасцю. NZJ Crop Hortic. 2016, 44, 103–120. [CrossRef]
- 41. Дэ Джавані, К.; Паван, С.; Таранцей, Ф.; Ды Рыенца, В.; Миацци, М.М.; Маркатрыджана, AR; Мангіні, Г.; Montemurro, C.; Рык'ярдзі, Л.; Lotti, C. Генетычная варыяцыя глабальнай калекцыі зародкавай плазмы нута (Cicer arietinum L.), уключаючы італьянскія асобнікі, якія знаходзяцца пад пагрозай генетычнай эрозіі. фізіял. мол. біял. Расліны 2017, 23, 197–205. [CrossRef]
- 42. Мацэо, Р.; Моргезэ, А.; Соннантэ, Г.; Зулуага, DL; Паван, С.; Рык'ярдзі, Л.; Lotti, C. Генетычнае разнастайнасць брокалі рабе (Brassica rapa L. subsp. сільвестрыс (L.) Janch.) з Паўднёвай Італіі. навук. Хорцік. 2019, 253, 140–146. [CrossRef]
- 43. Якшэ, М.; Марцін, В.; Маккаллум, Дж.; Хаві, М. Адзінкавы нуклеатыд палімарфізм, індэлі і простыя паўторы паслядоўнасці для ідэнтыфікацыі гатункаў лука. J. Am. Soc. Хорцік. навук. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. МакКалум, Дж.; Томсан, С.; Пітэр-Джойс, М.; Кенел, Ф. Генетычны аналіз разнастайнасці і развіццё маркераў аднануклеатыднага палімарфізму ў цыбулі рэпчатай на аснове выяўленай паслядоўнасці тэгаў - простыя маркеры паўтору паслядоўнасці. J. Am. Soc. Хорцік. навук. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Болдуін, С.; Пітэр-Джойс, М.; Райт, К.; Чэнь, Л.; McCallum, J. Распрацоўка надзейных геномных маркераў простага паўтору паслядоўнасці для ацэнкі генетычнай разнастайнасці ўнутры і сярод цыбулі (Allium cepa Л.) насельніцтва. мол. парода. 2012, 30, 1401–1411. [CrossRef]
- 46. Дэвудзі, Дж.А.; Ханікат, Р.Л.; Skow, LC Мікраспадарожнікавыя маркеры ў белахвостых аленяў. Я. Херэд. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Ходададзі, М.; Хасанпанах, Д. Іранскі лук (Allium cepa L.) рэакцыі гатункаў на дэпрэсію інбрыдынгу. Сусветны прыл. навук. Дж. 2010,11, 426-428.
- 48. Абду, Р.; Бакассо, Ю.; Сааду, М.; Бадуэн, Дж.П.; Хардзі, О.Я. Генетычнае разнастайнасць лука Нігер (Allium cepa L.) ацэньваецца простымі маркерамі паўтору паслядоўнасці (SSR). Акта Хорцік. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Паван, С.; Лоці, К.; Маркатрыджана, AR; Мацэо, Р.; Бардара, Н.; Бракута, В.; Рык'ярдзі, Ф.; Таранцей, Ф.; Д'Агасціна, Н.; Ск'явулі, А.; і інш. Выразны генетычны кластар у культывуемым нуце, як выяўлена шляхам адкрыцця агульнагеномных маркераў і генатыпавання. Геном раслін 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Паван, С.; Маркатрыджана, AR; Сіані, Э.; Мацэо, Р.; Зонно, В.; Рудж'еры, В.; Лоці, К.; Ricciardi, L. Генатыпаванне шляхам секвенирования дыні (Cucumis melo L.) калекцыя зародкавай плазмы з другаснага цэнтра разнастайнасці падкрэслівае заканамернасці генетычнай варыяцыйнасці і геномных асаблівасцей розных генафондаў. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Ды Рыенца, В.; Сіён, С.; Таранцей, Ф.; Д'Агасціна, Н.; Montemurro, C.; Фанэлі, В.; Сабетта, В.; Boucheffa, С.; Таменджары, А.; Паскуалоне, А.; і інш. Генетычны паток сярод аліўкавага насельніцтва ў басейне Міжземнага мора. Пір Дж. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Пастух Л.Д.; McLay, TG. Два пратаколы мікрамаштабу для выдзялення ДНК з расліннай тканіны, багатай поліцукрыдамі. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Дойл, Дж. Дойл, JL Вылучэнне ДНК раслін з свежай тканіны. Фокус 1990,12, 13–14.
- 54. Кул, Дж.К.; Чэнг, Ф.; Цяопін, Ю.; Марцін, В.; Зеўдзі, Ю.; Маккаллум, Дж.; Катанах, А.; Резерфорд, П.; Ракавіна, KC; Ендэрэк, М.; і інш. Унікальны набор з 11,008 XNUMX тэгаў экспрэсаванай паслядоўнасці цыбулі паказвае экспрэсіраваную паслядоўнасць і геномныя адрозненні паміж аднадольнымі парадкамі asparagales і poales. Раслінная клетка 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Кім, HJ; Лі, HR; Хён, JY; Песня, KH; Кім, KH; Кім, JE; Гур, CG; Harn, CH Распрацоўка маркераў для тэсціравання генетычнай чысціні лука з дапамогай SSR Finder. Карэйская парода Дж. навук. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Шульке, М. Эканамічны метад флуоресцентной маркіроўкі фрагментаў ПЦР. Нац. Біятэхналагічны. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Пікал, Р.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Генетычны аналіз у Excel. Папуляцыйна-генетычнае праграмнае забеспячэнне для навучання і даследаванняў: абнаўленне. біяінфарматыкі 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Каліноўскі, С.Т.; Тэпер, ML; Marshall, TC Перагляд таго, як кампутарная праграма CERVUS улічвае памылку генатыпу, павялічвае поспех у прызначэнні бацькоўства. мол. экал. 2007,16, 1099–1106. [CrossRef]
- 59. Прычард, Дж.К.; Стывенс, М.; Розенберг, Н.А.; Донэлі, П. Адлюстраванне асацыяцый у структураваных папуляцыях. Am. Я. Гум. Генет. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Эвано, Г.; Рэно, С.; Goudet, J. Выяўленне колькасці кластараў асоб з дапамогай праграмнага забеспячэння СТРУКТУРА: даследаванне мадэлявання. мол. экал. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Эрл Д.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: вэб-сайт і праграма для візуалізацыі вываду STRUCTURE і рэалізацыі метаду Эвано. Кансерваваць. Генет. Рэсурс. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Такэзакі, Н.; Нэй, М.; Тамура, К. POPTREEW: Вэб-версія POPTREE для пабудовы папуляцыйных дрэў з даных частаты алеляў і вылічэння некаторых іншых велічынь. Мол. біял. Эвол. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Кумар, С.; Штэхер, Г.; Лі, М.; Князь, Ч.; Тамура, К. MEGA X. Малекулярны эвалюцыйна-генетычны аналіз на розных вылічальных платформах. Мол. біял. Эвол. 2018, 35, 1547–1549. [CrossRef]